Powieść powstała pod koniec lat osiemdziesiątych XIX wieku. Pisząc „Nad Niemnem” Orzeszkowa skorzystała z bardzo popularnej konwencji, snując opowieść o pogmatwanych przez czas i historię, przeplatających się dziejach dwóch szlacheckich rodów. Na przykładzie żyjących po sąsiedzku Korczyńskich i Bohatyrowiczów, których więcej dzieli niż łączy, autorka dokonała diagnozy współczesnego im społeczeństwa polskiego, wciąż leczącego traumę po upadku powstania styczniowego.
Wedle Orzeszkowej główną chorobą toczącą społeczeństwo był zanik poczucia narodowej wspólnoty, czego przyczyną był rozkład więzi społecznych i rodzinnych. Receptą na to miał być – stanowiący dopełnienie pozytywistycznego programu - powrót od historii, do wspólnych ideałów, tradycji i symboli. Elementy tej diagnozy znajdziemy w trzech głównych wątkach powieści.
Konflikt między Korczyńskimi - gospodarzami dworu a osiadłymi w zaścianku Bohatyrowiczami nie wybuchł nagle, ale rozwijał się podsycany mniej lub bardziej znaczącymi incydentami, które pogłębiały narastającą od lat niechęć między zaprzyjaźnionymi kiedyś rodami. Korczyńscy nie chcieli oddać Bohatyrowiczom koni, które wyrządziły szkodę w dworskim zbożu. Zaściankowi dochodzili przed sądem praw do kawałka łąki (wygon), która rzekomo należała kiedyś do nich. Błahe zdarzenia urastały do rangi problemów, a strony sporu pozostawały nieprzejednane, choć tracili na tym i jedni i drudzy.
Takie konflikty były bardzo na rękę carskim władzom, których działania zmierzały do ekonomicznego osłabienia i zubożenia polskiej szlachty. Ani Bohatyrowiczom nie było łatwo, ani Korczyński nie opływał w luksusy. Ciężko pracował nad ocalenie majątku w bardzo niesprzyjających okolicznościach.
Represje po powstaniu, kontrybucje, uwłaszczenie chłopów carskim dekretem, przekazywanie utraconych majątków wyłącznie w rosyjskie ręce, wszystkie działania zaborcy przyczyniały się do pogłębiania się problemów polskiej wsi. Chłopom i zaściankowi brakowało ziemi, a obciążone zastawami, kredytami i karami za udział w powstaniu dwory szlacheckie, pozbawione dodatkowo w wyniku carskiej „reformy” świadczeń ze strony chłopów cierpiały na brak rąk do pracy i nie wykorzystywały swego potencjału.
Wedle autorki „Nad Niemnem” taki stan rzeczy jest owocem zaniku poczucia wspólnoty narodowej, zaniku więzi, która łączyła Korczyńskich i Bohatyrowiczów w trakcie powstania styczniowego. Andrzej Korczyński i Jerzy Bohatyrowicz (bracia Benedykta i Anzelma) przyjaźnili się, konspirowali, walczyli i zginęli razem w imię wolności Polski i równości jej mieszkańców. Po dwóch dekadach od upadku powstania te szczytne ideały i patriotyczne hasła poszły w zapomnienie, przysłonięte kwestiami ekonomicznymi. Orzeszkowa nawołuje do solidaryzmu społecznego, do zgodnej współpracy różnych warstw społeczeństwa, widząc w tym szansę na przetrwanie i rozwój całego narodu
Główną rolę w wygaszeniu tego konfliktu odegrał Witold Korczyński, syn Benedykta, reprezentant młodego pokolenia Polaków. Wykształceni, ceniący pracę, obyci w świecie, otwarci na nowinki techniczne i modernizacje nie zaniedbywali wyższych wartości i szacunku dla tradycji narodowych. Wedle Orzeszkowej możliwa była taka zmiana pokoleniowa. Do nich należała przyszłość i od nich zależała przyszłość Polski. Symbolicznym wyrazem tego ponownego porozumienia się „dworu z ludem” jest ślub Jana Bohatyrowicza i Justyny Orzelskiej (krewnej Korczyńskich). Praktycznymi efektami optymistycznego zakończenia tego wątku są: dla Korczyńskiego – dostęp do najemnej siły robocza dla majątku, dla Bohatyrowiczów – możliwość dzierżawienia i uprawiania dworskich gruntów.
Równolegle z konfliktem pomiędzy dworem a zaściankiem wrze inny spór – konflikt pokoleniowy. Toczy się on głównie wewnątrz rodziny Korczyńskich. Najważniejszy – z perspektywy przesłania całej powieści - jest spór pomiędzy ojcem a synem, czyli pomiędzy Benedyktem Korczyńskim a jego synem Witoldem. Jest to przykład klasycznego konfliktu pokoleń, w którym zderzają się młodość, pasja i wiara we własne możliwości z gorzkimi nieraz doświadczeniami i straconymi złudzeniami.
Trudy codziennego zmagania się z realiami ekonomicznymi dla zapewnienia bytowania rodzinie i utrzymania majątku, zdusiły w Benedykcie entuzjazm i młodzieńcze ideały. Niegdysiejszy zwolennik pracy u podstaw i solidaryzmu społecznego, stał się surowym, zawziętym pragmatykiem (spór o ziemie, dochodzenie odszkodowań). Postawa Witolda drażni go naiwnością i bezkrytyczną wiarą w postęp, równość społeczną, naukę czy rozwój techniki.
Kulminacją sporu jest rozmowa, w której Witold przychodzi do ojca bronić interesów zaścianka, nad którym wisi konieczność zapłacenia odszkodowania po przegranej sprawie sądowej z Korczyńskim. Witold posuwa się nawet do groźby samobójstwa, a jego zaangażowanie i naiwny ale szczery zapał, uświadamiają Benedyktowi, że Witold jest bardzo podobny do jego brata Andrzeja. W końcu dostrzega w synu również samego siebie, tylko młodszego o dwadzieścia lat.
Prawdziwa wartość porozumienia, do którego w końcu dochodzi pomiędzy Benedyktem a Witoldem, leży w tym, że każdy z nich potrafił wysłuchać, przyjąć i zaakceptować racje adwersarza. Benedykt potrafił uświadomić synowi, że ideały – aby nie stały się mrzonkami lekkoducha - należy konfrontować z twardą rzeczywistością i niektóre z nich mogę tej konfrontacji nie sprostać. Witold przekonał ojca, że przynajmniej należy spróbować, czego wymiernym efektem było darowanie długu mieszkańcom zaścianka.
Wątek miłosny w „Nad Niemnem” wydaje się być – bardzo istotnym – ale jednak dopełnieniem dwóch opisanych poprzednio. Jest to o tyle ciekawe, że powieść pierwotnie miała ukazać się pod tytułem „Mezalians” i opowiadać o przełamującym kasowe ograniczenia romansie Jana i Justyny. W miarę pisania powieści (ukazywała się w odcinkach w „Tygodniku Ilustrowanym”) Orzeszkowa zmieniała rozkład akcentów, ale miłość jest bardzo ważnym elementem całej opowieści.
Dwa najważniejsze wątki miłosne dzieli kilka stuleci ale łączy podobieństwo bohaterów. Pierwszy z nich, to ten opowiadający o uczuciu łączącym Jana i Cecylię, mitycznych założycieli i protoplastów rodu Bohatyrowiczów, którzy przybyli nad Niemen w czasach panowania ostatniego z Jagiellonów. Drugi to uczucie łączące bohaterów „współczesnych” - Jana Bohatyrowicza i Justynę Orzelską.
Ród Jana bardzo podupadł od czasów świetności i dawni dumni szlachcice toczą obecnie zwykłe chłopskie życie. Justyna, która majętna również nie jest, należy jednak do rodu Korczyńskich, posiadaczy dworu i dóbr ziemskich.
Bohatyrowicz i Orzelska powielają właściwie historię Jana i Cecylii. Wedle legendy, tamci również byli „nierównej kondycji”, a w puszczy nad Niemnem szukali schronienia i miejsca na nowy początek. To co łączyło jednych i drugich, to szacunek dla pracy i dla drugiego człowieka, umiłowanie tradycji, patriotyzm i odnalezienie sensu bytowania w codziennym trudzie. Różnice związane z pochodzeniem nie mogły być przeszkodą dla osób gotowych do poświęceń, darzących się wzajemnym szacunkiem i zaufaniem. Justyna, „dumna rezydentka” dworu Korczyńskich, miała ponadto odwagę aby odrzucić zaloty pustych arystokratów. Tej odwagi zabrakło Marcie Korczyńskiej, która w obawie przed ostracyzmem nie zdecydowała się na związek z ukochanym Anzelmem.
Opisując te dwa związki Orzeszkowa przedstawia miłość jako połączenie romantycznej, szczerej fascynacji z partnerskim związkiem spełniającym się we wspólnych działaniach i zainteresowaniach. To miłość dojrzała, taka która potrafi wznieść się ponad rodzinne niesnaski, czy społeczne podziały, ponieważ bierze się z głębokiej wspólnoty duchowej i intelektualnej partnerów.
